Juan de Yepes Alvarez nació el 24 de junio de 1542 en Fontiveros, Ávila. Fue el segundo de tres hijos de Gonzalo de Yepes y Catalina Alvarez, modestos tejedores. La crisis agraria, el hambre presente en Castilla en esos años, la pérdida de su padre y de uno de sus hermanos, marcaron un ambiente de miseria en la niñez y adolescencia del joven Juan. En Medina del Campo, donde se estableció con su madre, estudió gracias a la ayuda de instituciones de caridad.

A los 21 años ingresó en la Orden de los Carmelitas, con el nombre de Fray Juan de San Matías. Hizo parte de sus estudios en Salamanca.

Su encuentro con Teresa de Cepeda y Ahumada, futura Santa Teresa de Jesús, 25 años mayor que él, marca una nueva etapa en su vida. En 1568, inspirado y motivado por la visión de ella, decidió dejar Salamanca para ayudarla en la fundación femenina de las Carmelitas Descalzas. Más tarde, él mismo funda el primer convento masculino de la misma Orden. En 1572, Teresa le pide que sea Vicario y confesor de las monjas de la Encarnación, donde permanece hasta 1577, mientras la acompaña en la fundación de diversos conventos de Descalzas.

Debido a distintos enfoques espirituales de la reforma surge una crisis entre los Carmelitas Calzados y los Carmelitas Descalzos. En 1575, el Capítulo General de los Carmelitas decide cerrar todos los conventos fundados sin licencia del General, y recluir a la Madre Teresa en un convento. Finalmente, en 1580, el Carmelo Descalzo es aceptado y reconocido como orden, luego de la intervención y acuerdos entre el Papa y el Rey, a quienes les habían pedido intervención en la crisis.