La diócesis de Brooklyn fue establecida el 29 de julio de 1853, separándola del territorio de la Arquidiócesis de Nueva York. En ese momento toda Long Island formaba parte de la diócesis. El 6 de abril de 1957 se crea la Diócesis de Rockville Centre, que abarca los condados de Nassau y Suffolk. Desde entonces sólo Brooklyn y Queens son parte de la Diócesis de Brooklyn.
El primer obispo de Brooklyn fue Mons. John Loughlin, quien fue la cabeza de la diócesis desde 1853 hasta 1891. Había nacido en County Down, en Irlanda del Norte, el 20 de diciembre de 1817.
Cuando tenía seis años de edad llegó a Estados Unidos junto a sus padres John y Mary. La recién llegada familia Loughlin se estableció en Albany, la capital del estado de Nueva York. John Loughlin comenzó sus estudios escolares en la Albany Academy, luego estudió en el College of Chambly, en Québec, Canadá. Con 14 años de edad regresó a Estados Unidos e ingresó al Mount St. Mary’s Seminary en Emmitsburg, en el estado de Maryland.
Fue ordenado sacerdote el 18 de octubre de 1840 por Mons. John Hughes, obispo de la entonces Diócesis de Nueva York y primer arzobispo de la Arquidiócesis de Nueva York. Su ordenación se llevó a cabo en la antigua Catedral de Nueva York.
Su primera asignación fue como párroco en San Juan en Utica, Nueva York, en 1841 fue enviado a la Catedral de San Patricio en Nueva York y tres años después fue designado como su rector y en 1850 fue nombrado Vicario General de la Arquidiócesis de Nueva York.
En su nueva función acompañó a Mons. John Hughes como su Consejero Teológico al Séptimo Consejo Provincial de Baltimore en 1849 y al Consejo Plenario de Baltimore en 1852.
El 19 de junio de 1853 el papa Pío IX lo nombró como el primer obispo de la recientemente creada Diócesis de Brooklyn. Su consagración episcopal fue el 30 de octubre de ese año en la antigua Catedral de San Patricio. Cuando llegó a la Diócesis, que en ese tiempo incluía toda Long Island, existían solamente diez parroquias en Brooklyn y una en Queens. Durante su administración se construyeron 42 parroquias en Brooklyn, diez en Queens, una en Nassau y dos en Suffolk. También se construyeron dos universidades y un seminario.
Es el obispo con el pontificado más largo en la historia de la Diócesis de Brooklyn: 38 años. Durante su pontificado se construyó la St. John’s University. Quería un lugar donde los jóvenes con menos recursos pudieran educarse, algo impensable para ellos en esa época. Durante la Guerra Civil expresó su apoyo a los Estados de la Unión. Participó en los Consejos Plenarios de Baltimore en 1852, 1866 y 1884. Estas fueron tres reuniones nacionales a las que asistían obispos de todo el país. Se llevaban a cabo en Baltimore porque en ese tiempo todas las diócesis de Estados Unidos eran parte de una provincia eclesiástica dependiente de la Arquidiócesis de Baltimore.
Asistió al Primer Concilio Vaticano entre 1869 y 1870 en Roma, donde fue nombrado Asistente al Solio Pontificio.
Mons. John Loughlin murió en su residencia de St. James, la primera parroquia de Brooklyn, el 29 de diciembre de 1871 a los 74 años de edad. Sus restos descansan en Immaculate Conception Pastoral Center en Douglaston.
Para el archivista de la Diócesis, John Coen, “el legado de Mons. John Loughlin fue construir la Diócesis, construir las primeras parroquias, las primeras instituciones, invitar a las primeras comunidades a la Diócesis como a las Hermanas de San José, los Hermanos Franciscanos y las Hermanas Dominicas, él invitó a diferentes comunidades a unirse a la Diócesis”.